KeyGene เสร็จสิ้นการประกอบจีโนมราสเบอร์รี่สีแดงในฤดูร้อนนี้ และส่งมอบผลลัพธ์สุดท้ายให้กับโปรแกรมการเพาะพันธุ์เบอร์รี่ของ BerryWorld Plus Ltd. โดยเสนอทรัพยากรจีโนมที่เป็นเอกลักษณ์และเป็นประโยชน์แก่ผู้เพาะพันธุ์ จีโนมอ้างอิงคุณภาพสูงนี้ถูกส่งหลังจาก Berry World Plus ชนะงาน Genome Insight ของ KeyGene ในเดือนมีนาคม จีโนมราสเบอร์รี่แบบค่อยเป็นค่อยไปแสดงให้เห็นว่าการอ่านแพลตฟอร์ม Oxford Nanopore มาอย่างยาวนาน รวมกับความเชี่ยวชาญของ KeyGene ในการสกัดดีเอ็นเอพืชและการวิเคราะห์ข้อมูลขั้นสูง ได้มอบวิธีการใหม่ๆ ในการทำแผนที่จีโนมของพืชผลใดๆ ในราคาประหยัด
การสกัด DNA ที่มีน้ำหนักโมเลกุลสูงของ KeyGene
เริ่มต้นจากการเก็บเกี่ยววัสดุชีวภาพ ในขณะที่การแยกจีโนม DNA ที่มีความยาวและคุณภาพที่ดีนั้นเป็นสิ่งที่ท้าทาย KeyGene ได้พิสูจน์ความเชี่ยวชาญผ่านการทำงานเกี่ยวกับพืชผักและพืชไร่ที่หลากหลาย ห้องสมุดขนาดเศษยาวถูกสร้างขึ้นจากจีโนม DNA ห้องสมุดได้รับการจัดลำดับโดยใช้แพลตฟอร์ม PromethION ของ Oxford nanopore Technologies และสร้างความครอบคลุม >100X ของจีโนมด้วยการอ่าน 62 Kb N50
การอ่านที่ยาวเป็นพิเศษเหล่านี้ใช้สำหรับชุดประกอบเริ่มต้นของde novoซึ่งสร้าง 1.2 Mb contig N50 ซึ่งใหญ่กว่าจีโนมฉบับร่างที่เผยแพร่เมื่อต้นปีนี้ประมาณห้าเท่า จากนั้นใช้ข้อมูล Hi-C ร่วมกับไปป์ไลน์ Proximo™ Hi-C จาก Phase Genomics ไปจนถึงเฟส จัดลำดับ และปรับแนวส่วนต่อให้อยู่ในโครงสเกลโครโมโซม การประกอบขั้นสุดท้ายส่งผลให้มีการประกอบทีละขั้นสองส่วน โดยแต่ละส่วนมีโครงนั่งร้านเจ็ดโครง ซึ่งสอดคล้องกับจำนวนโครโมโซมที่ราสเบอร์รี่มี
พบความสอดคล้องกันในระดับสูงเมื่อเปรียบเทียบแอสเซมบลีที่แบ่งเป็นสองช่วงกับจีโนมราสเบอร์รี่ที่เผยแพร่ ซึ่งแสดงความถูกต้องของโครงสร้างของแอสเซมบลีสุดท้าย การวิเคราะห์ความสมบูรณ์ของยีนของชุดประกอบโดยใช้การประเมินของ BUSCO ระบุประมาณ 94% ของชุดยีนที่อนุรักษ์ไว้
จีโนมอ้างอิงระดับโครโมโซมเป็นขั้นตอนที่สำคัญสำหรับการวิจัยเพื่อทำความเข้าใจกระบวนการทางชีววิทยาและสำหรับโปรแกรมการเพาะพันธุ์ พ่อพันธุ์แม่พันธุ์สามารถใช้มันเพื่อเลือกลักษณะเช่นสีหรือรสชาติเมื่อข้ามพืช ในกรณีของจีโนมเฮเทอโรไซกัส จีโนมแบบค่อยเป็นค่อยไปให้ข้อมูลที่สำคัญเกี่ยวกับฮาโพลไทป์ที่มียีนเป็นพื้นฐาน ข้อมูลดังกล่าวมีประโยชน์อย่างยิ่งสำหรับลักษณะด้อย การทำแผนที่ของจีโนมนี้จะช่วยให้ BerryWorld Plus พัฒนาพันธุ์คุณภาพสูงได้เร็วและมีประสิทธิภาพมากขึ้น
“การเพาะพันธุ์พืชเป็นเกมตัวเลข” ดร. Guillaume Daverdin ผู้เพาะพันธุ์ราสเบอร์รี่ระดับโมเลกุลให้ความเห็น “ด้วยการใช้เครื่องมือระดับโมเลกุลและความเข้าใจด้านจีโนม เราจะสามารถเพิ่มจำนวนพืชที่คัดกรองในแต่ละปีได้อย่างมีนัยสำคัญ และเพิ่มโอกาสในการระบุพืชที่แสดงถึงการผสมผสานที่ลงตัวของลักษณะที่เรากำลังมองหา การกรองระดับโมเลกุลจะมีความสำคัญเป็นพิเศษในการยกเลิกการเลือกพืชที่มีแนวโน้มน้อยที่สุดนับร้อยนับพันอย่างรวดเร็ว ก่อนที่ส่วนที่เหลือจะได้รับการคัดเลือกโดยทีมผสมพันธุ์ของเรา”
“เนื่องจากนักบวชแห่ง Westvleteren ทำการต้มด้วยมอลต์ข้าวบาร์เลย์ชนิดเดียวกันมาเป็นเวลานาน จึงไม่มีความประสงค์ที่จะเปลี่ยนแปลงใดๆ” โฆษกของพวกเขากล่าว เขาเสริมว่าในทางตรงกันข้าม ผู้ผลิตคราฟต์เบียร์ที่มีสูตรที่หลากหลายและเปลี่ยนแปลงไปจะสนใจที่จะเปลี่ยนพันธุกรรมของข้าวบาร์เลย์พันธุ์ปัจจุบันมากกว่า
“มอลต์สมัยใหม่ดีกว่ามอลต์รุ่นเก่ามากในแง่ของการปรับเปลี่ยนแป้ง” De Korte กล่าว “พวกมันให้ผลผลิตที่สูงขึ้นในน้ำตาลที่หมักได้แม้ในการบดแบบชงครั้งเดียว มอลต์ที่มีคุณภาพดีกว่าเป็นผลมาจากเทคโนโลยีการหมักมอลต์ที่ดีขึ้น แต่ยังรวมถึงพันธุ์ข้าวบาร์เลย์ที่ดีกว่าด้วย การปรับปรุงเหล่านี้เกิดขึ้นมาระยะหนึ่งแล้ว แต่ฉันเชื่อว่าความต้องการของผู้ผลิตคราฟต์เบียร์มีบทบาทในการปรับปรุงเพิ่มเติม” เขากล่าวเสริม
Ricardo Zanatta Machado ผู้ผลิตเบียร์ในบ้านในบราซิเลียกำลังแสดงเบียร์ที่ได้รับรางวัลของเขา (ภาพ: R. Zanatta Machado)
Edmonds ไม่เคยเห็นผู้ผลิตคราฟต์เบียร์ที่มีอิทธิพลต่อผู้เพาะพันธุ์ข้าวบาร์เลย์มากเกินไปในสหราชอาณาจักร แต่ในสหรัฐอเมริกาก็มี “ตามเนื้อผ้า พ่อพันธุ์แม่พันธุ์ข้าวบาร์เลย์ของสหรัฐฯ เพาะพันธุ์ให้มีศักยภาพของเอนไซม์สูง เนื่องจากผู้ผลิตใช้ข้าวโพด/ข้าวจำนวนมากและไม่มีเอนไซม์ สำหรับผู้ผลิตคราฟต์เบียร์ที่ใช้มอลต์เท่านั้น (และไม่มีข้าวโพดหรือข้าว) ระดับเอนไซม์ที่สูงทำให้มอลต์เบียร์ทั้งหมดทำได้ยาก ดังนั้นทุกวันนี้ระดับเอนไซม์สำหรับข้าวบาร์เลย์ที่กำหนดไว้สำหรับผู้ผลิตคราฟต์เบียร์จึงต่ำกว่าที่เคยเป็นมาเล็กน้อย”
Credit : elprimerempleo.com ikkunhagi.net debbiereynolds.net tuneintokyoclub.com thegioinam.net tdsengineeringgroup.com barrensteinmusik.com raisemoneyonline.net cyrillerabiller.net parentsagainstcancerla.org
